STM32F4的GPIO口AF复用模式和IN输入模式

在使用STM32通用定时器的霍尔传感器模式时，发现定时器的三个输入通道端口，如果配置成AF复用模式，则无法使用GPIO_ReadInputData来直接准确的读取端口的输入信号
如果配置成IN输入模式，则三个通道信号的变化无法进入通道一的捕获中断内，就是霍尔传感器模式无效了

求解到底是什么问题，霍尔传感器模式到底应该怎么使用，怎么样才可以既捕获三个通道每次的信号变化，又能读取到三个通道的值。