如何将应用程序部署到独立的ESP-12E模块上?

我承认我的问题陈述在这里没有完全形成。我希望有人能够指出我的方向。
我的情况是这样的。
  1) 我正在从事一个业余爱好项目，并成功地将 Arduino 与 NodeMCU 1.0 板一起使用。
  2) 我现在正尝试将我的应用程序部署到独立的 ESP-12E 模块上。我很难过。
背景：
* 我现在精通 GPIO0/GPIO2/GPIO15，所有这些。
* 我是一名专业的嵌入式程序员和电子工程师。我一路上把我的仪表和示波器都弄坏了。我提到这一点并不是出于任何自负，只是想让你知道我犯的任何错误都不太可能是过于天真。
情况：
  1) 我可以用 FTDI 电缆与我的 ESP8266 通话。我在 74880 波特率下看到控制台消息，上面写着“引导模式 (3,6)”之类的内容。
  2) 我*看起来*能够成功刷入设备。我使用过各种工具，包括 ESP8266 下载工具、NodeMCU-PyFlasher 和 Arduino IDE。所有这些似乎都提供了成功的闪光。
  3) 但是当我重新启动然后运行我的 Arduino 草图时（我正在使用手动闪存和重新启动，而不是 DTR/RTS，因为 FTDI 电缆不传输这些信号），它就失败了。引导循环或控制台上的 gobbledy-gook，具体取决于我的尝试。
我担心我可能已经伪造了设备？在我努力的过程中，有一次我告诉 Arduino IDE 工具/擦除闪存/所有闪存内容。
那是一个错误吗？这是否意味着我已经删除了，例如，nonOS-SDK？
还是我的“裸机”ESP-12E 根本没有 SDK 而我需要安装它？
我正准备回到裸机并只是使用 Espressif 入门指南，包括可能重建整个 SDK。我尝试使用 ESP8266 下载工具重新刷写，但我目前不理解您放入 ESP8266 下载工具的所有“bin”、“空白”和“用户”文件，以及右侧地址使用什么值-手柱。
我还在 NodeMCU-build.com 上尝试过在黑暗中进行云编译我自己的 NodeMCU 构建，但在我刷新它之后，它的表现也好不到哪里去——我的 Arduino 草图在重置后仍然死机。
我感觉在我刷新我的 Arduino 草图后，处理器没有在正确的地址重新启动。但我不明白所涉及的所有问题。
有什么建议或提示吗？我已经在这里呆了好几天了，而且很模糊。我不知道我是不是用软管冲洗了我的设备，或者我只是做错了什么，还是？？我可以尝试另一个设备，但当前设备现在已经很好地焊接到我的项目中，我需要几个小时才能换成另一个。我的感觉是设备很好，这是一个软件问题。