STM32F103系列TIM3 PWM输出异常这是什么原因？

一、大概率还是配置的问题，既然定时器、PB0、PB1可以正常使用，说明你在配置定时器PWM方面是正确的；
所以专注于，PB4、PB5的配置；
二、你可以单独就这两个引脚进行配置研究，有以下几点
1.PB4、PB5的引脚配置；
2.定时器的PWM是否配置（即捕获比较寄存器）；
3.PWM的输出控制是否使能（极性）；
三、你还可以在RT-Thread Studio使用在KEIL中配置定时器驱动的方式来实现，也可以；

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已成功 PB4 PB5 用在TIM3输出PWM时 是部分映射 ，而PB4有根调试脚有关，处理好这2个就OK了。

一、我当时倒是猜测过是否跟JTAG的默认引脚有关系，但是一查数据手册，发现只有PB4是跟JTAG有关；
二、还真没注意到部分映射的问题；这是又是经验。

有配置这四个引脚的 gpio ？

有 该映射的都映射啦。

void HAL_TIM_MspPostInit(TIM_HandleTypeDef* timHandle)
{
  GPIO_InitTypeDef GPIO_InitStruct = {0};
  if(timHandle->Instance==TIM3)
  {
  /* USER CODE BEGIN TIM3_MspPostInit 0 */
  /* USER CODE END TIM3_MspPostInit 0 */
    __HAL_RCC_GPIOB_CLK_ENABLE();
    /**TIM3 GPIO Configuration
    PB0     ------> TIM3_CH3
    PB1     ------> TIM3_CH4
    PB4     ------> TIM3_CH1
    PB5     ------> TIM3_CH2
    */
    GPIO_InitStruct.Pin = GPIO_PIN_0|GPIO_PIN_1|GPIO_PIN_4|GPIO_PIN_5;
    GPIO_InitStruct.Mode = GPIO_MODE_AF_PP;
    GPIO_InitStruct.Speed = GPIO_SPEED_FREQ_LOW;
    HAL_GPIO_Init(GPIOB, &GPIO_InitStruct);
    __HAL_AFIO_REMAP_TIM3_PARTIAL();
  /* USER CODE BEGIN TIM3_MspPostInit 1 */
  /* USER CODE END TIM3_MspPostInit 1 */
  }
}

这个不全吧，不影响吗？功能复用和上下拉不需要配置？

我用的stm32f407的片子，RT 4.0.3版本，studio 2.1.1使用TIM3的CH2，PB5。使用的是RT的PWM设备框架。PWM输出正常。
由于不了解你的整个配置过程，和所有PWM相关代码，暂时也没分析出问题。
大概描述一下配置过程，你看一下是否都做了吧：
1.在settings中，打开PWM设备，保存；
2.打开cubemx，配置TIM3的CH1和CH2为 PWM Generation CH1和PWM Generation CH2模式，保存生成代码；
3.在board.h文件中添加PWM宏定义

#define BSP_USING_PWM3
#define BSP_USING_PWM3_CH1
#define BSP_USING_PWM3_CH2