使用I.MX 1052的QTIMER输出PWM波形出现异常怎么解决？

对比在裸机下实现的该功能，裸机目前是正常的，并未出现上诉问题。怀疑是系统调度等引起的问题，有大神可以指导下么
代码如下
static rt_err_t motor_S_curve_set(struct rt_device *device, motor_para_t *para, acc_config_t *acc_cfg)
{
        struct pwm_motor_cfg *pwm_cfg = (struct pwm_motor_cfg *)device->user_data;
        CalcSpeed(pwm_cfg,acc_cfg);//根据参数生成加减速频率表
        pwm_cfg->cal_para.AverageStep = para->pulse - 2 * pwm_cfg->cal_para.AccelTotalStep;
        if(pwm_cfg->cal_para.AverageStep <= 0)         pwm_cfg->cal_para.AverageStep = 0;
        stepper_start_run(pwm_cfg);//启动第一个pwm输出，开中断
        rt_sem_take(&pwm_cfg->sem,RT_WAITING_FOREVER);
        rt_free(pwm_cfg->cal_para.Form);
        return RT_EOK;
}
void speed_decision(void *args)
{
        float temp_p = 0;
        int step;
        struct pwm_motor_cfg *cfg = (struct pwm_motor_cfg *)args;        
        if(cfg->status.status == ACCEL)
        {
                cfg->status.pos++;
                if(cfg->status.pos  < cfg->cal_para.AccelTotalStep )
                {
                        temp_p = cfg->cal_para.Form[cfg->status.pos];
//                        if(temp_p < MIN_SPEED)
//                                temp_p = MIN_SPEED;
                        QTMR_SetupPwm(cfg->base,cfg->channel,temp_p,50,false,QTMR_SOURCE_CLOCK/8);
                }
                else        
                {
                        if(cfg->cal_para.AverageStep > 0)                cfg->status.status = AVESPEED;        
                        else if(cfg->cal_para.AverageStep == 0)        cfg->status.status = DECEL;
                        else //到达最大速度后不减速，给信号量
                        {
                                rt_sem_release(&cfg->sem);
                        }
                }        
        }
        else if(cfg->status.status == AVESPEED)
        {
                cfg->status.pos++;
                if(cfg->status.pos  < cfg->cal_para.AccelTotalStep + cfg->cal_para.AverageStep) ;
                else        cfg->status.status = DECEL;
        }
        else
        {
                cfg->status.pos++;
                step = cfg->status.pos - cfg->cal_para.AccelTotalStep - cfg->cal_para.AverageStep;
                if(step < cfg->cal_para.AccelTotalStep)
                {
                        temp_p = cfg->cal_para.Form[cfg->cal_para.AccelTotalStep - step];
                        if(temp_p < MIN_SPEED)
                                temp_p = MIN_SPEED;
                        QTMR_SetupPwm(cfg->base,cfg->channel,temp_p,50,false,QTMR_SOURCE_CLOCK/8);
                }
                else        
                {
                        cfg->status.status = STOP;
                        QTMR_StopTimer(cfg->base,cfg->channel);
                        rt_sem_release(&cfg->sem);
                }
        }
}
static void qtimer_isr(TMR_Type *base, int start)
{
        QTMR_ClearStatusFlags(base, kQTMR_Channel_3, kQTMR_Compare2Flag);
        hdr_tab[11].hdr(hdr_tab[11].args);
}
void TMR3_IRQHandler(void)
{
    rt_interrupt_enter();
    qtimer_isr(TMR3,8);
    rt_interrupt_leave();
}