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聚合酶链式反应(Palymerase Chain Reaction,PCR)是一项在短时间内体外大量扩增特定DNA片段的分子生物学技术。目前已有的PCR控制系统一般采用单片机作为控制核心,成功地实现了对单个微流控芯片进行控制。然而在需要高效快速、大规模应用微流控芯片的场合,由于单片机的控制端口数量有限,难以实施控制。本文选取串行控制的 A/D与D/A芯片,减少了所需控制端口数量;采用具有大量控制端口的现场可编程门阵列(Field Programmable Gate Array,FPGA)作为系统的控制芯片,在使用VerilogHDL语言对其编程后,可同时对30个PCR芯片实施控制。
2 硬件设计 系统以FPGA芯片为控制核心,实现对信号调理模块、A/D模块、高压模块、温度控制模块以及USB传输模块的控制。具体结构示意图如图1所示。虚线框内为相应的控制信号。 FPGA采用Xilinx公司的Spartan II 2S100-PQ208-5。PQ208表示其封装为208引脚,“5”表示时延为5 ns。该器件密度为1O万门,内置5 KB的RAM,最高工作频率可达到125 MHz,用户可编程使用的I/O端口数目多达196个。工作核心电压引脚接+2.5 V电源,其输入/输出(I/O)引脚支持TTL、LVTTL电平逻辑,需接+3.3 V电源。程序存储采用CPLD加Flash的方式。Spartan II系列的FPGA支持4种配置模式:从串行模式、主串行模式、从并行模式和边界扫描模式。在调试时期,采用边界扫描模式。在程序编制成功后,使用通用编程器将程序烧入由EPROM组成的配置存储器,然后将3个配置引脚全设置为高电平,采用从串行模式进行配置。 信号调理模块由电流转电压I—V电路、低通滤波电路组成。I—V电路的输入为光电倍增管的电流输出。I—V电路芯片采用的是安森美半导体公司的 MC33501,该芯片的输入偏置电流典型值为40 fA,非常适用于微弱光电流信号的测量。反馈电阻选取1 MΩ的标称值,可将1μA的电流转换为1 V的电压。转换后的电压信号再经过运算放大器OP07组成的二阶巴特沃兹低通滤波器,其截止频率可设置在1 Hz以下。A/D模块采用TI公司的12位串行A/D转换器ADS7818。该芯片仅8个引脚,采用串口方式控制和输出数据。如图2所示,对A/D模块进行控制只需占用FPGA的3个控制端口(CONV、CLK、DATA)。FPGA可编程使用的I/O端口数目多达196个,在除去其他芯片的控制端口后,足以胜任同时控制30个A/D模块的工作。这也意味着可同时对30个PCR芯片实施数据采集。 高压控制模块由TI公司的D/A芯片TLV5630和高压模块实现。高压模块的输出与其输入控制电压成正比。TLV5630具有8通道的12位输出,可以使高压模块的电压步进精确控制在1 V量级。FPGA通过RS232接口与温度模块通信,通过发送命令字与接收返回信息来控制温度。 系统需要接口将数据上传至计算机,而计算机的命令参数也通过此接口下载至本系统中。USB2.0接口的传输速率达到480 Mb/s,可胜任快速传回数据的任务。本文采用USB2.0接口作为系统与计算机通信的接口,USB的通信芯片选用Cypress公司的 CY7C268013A,工作模式为SlaveFIFO方式。 |
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3 程序编码
程序编码包括3部分:一是采用VerilogHDL语言对FPGA编程;二是对CY7C68013A的固件编程;三是WindowsXP环境下驱动程序的开发以及上位机控制软件的编程。与系统结构相对应,FPGA的控制模块包括A/D模块、D/A模块、RS232模块、USB模块以及状态机模块。模块共用同一个时钟与复位信号。除状态机模块外,其他模块都将信号封装为状态输出、命令输入、选通输入、数据输出4个部分,由状态机模块对其实施控制。如图3所示,状态机模块读取USB模块从上位机得来的命令并翻译,然后对所指定的模块输入命令或者读取信息,最后返回操作成功信息。FPGA擅长于高速的逻辑与时序控制,便于控制具体的芯片,但不适于整体复杂的流程控制。采用这种方式编程的好处在于,避免了FPGA复杂的流程控制编程,而将这一任务交给上位机去完成。 FPGA程序采用VerilogHDL语言在ISE6.2环境下编写。经ModelSim5.7g仿真无误后,在FPGA Compile-rII3.7环境下编译为bin文件;再经过ISE6.2的iMPACT工具烧入FPGA的配置存储器,上电后FPGA即可正常工作。 A/D部分的仿真波形如图4所示。 固件在uVision2集成开发环境下采用Keil C51语言开发。固件编译后,有两种方法载入CY7C68013A:一种是从EEPROM载入,另一种是从上位机下载。本系统采用第2种方式。 Hex2c.exe将固件目标码转换为C语言 数组形式;EZ-Loader提供程序模板;Windows DDK将嵌入固件后的模板编译为系统文件;制作相应的inf文件,使计算机系统在发现数据采集系统后,自动将固件下载入CY7C68013A。 USB设备驱动程序采用Jungo公司的WinDriver软件开发。具体实现过程为:连接本系统后运行DriverWiz-ard向导,选择对应的 USB设备,生成对应的.ini文件;然后在设备诊断对话框中检测到USB接口各端点的正确设置后,选择适合的编译环境即可生成驱动程序和API函数的示例代码。 上位机软件采用Visual C++6.0语言开发,操作界面友好。由于FPGA程序并未完成对整个微流控过程的控制,所以这一任务由上位机软件来完成。上位机可以通过状态机模块对其他各个控制模块询问状态、施加命令,以及读取返回数据。 4 结 论 本系统以FPGA芯片为控制核心,使用VerilogHDL语言编制了信号调理模块、A/D模块、高压模块、温度控制模块以及USB传输模块的程序;另外还编写了基于Windows XP的驱动程序与控制软件。在选取串行控制的A/D芯片节约控制端口的同时,采用具有大量控制端口的FPGA作为系统的控制芯片,实现了同时对30个 PCR芯片的控制。该系统通过并行控制多个芯片,提高了PCR的检测效率,可应用于需大批量芯片检测的场合。本文提出的使用FPGA控制微流控芯片的方法具有集成度高的优点,大幅提高了芯片的检测效率,具有较高的实用价值。 |
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基于采用FPGA控制MV-D1024E系列相机的图像采集系统设计
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