STM32L031独立看门狗切换时间慢影响实时性怎么解决？

目前在做一个项目时候遇到一个非常棘手的问题，希望在这和大家讨论一下，如果有人有什么好的建议请给在下指条路子。
   一、产品的具体流程如下：1、在run 模式工作75ms 左右，此时设置独立看门狗时间是3S，完事以后进入stop模式
                                        2、在进入stop模式之前，独立看门狗时间修改成28S，开启RTC，RTC 15S中断一次，中断一次喂一次狗。
                                        3、唤醒事件把MCU从 stop模式唤醒，然后重新初始化时钟，重新设置看门狗为3S，然后进入run.

   二、具体问题描述：        1、在从run模式到STOP模式切换看门狗时间，看门狗切换时间过长达到了30ms（具体代码在下边）
                                       2、唤醒以后切换看门狗时间也达到了30ms,直接影响到了实时性。
                                       3、目前ST的技术支持说原因是：run时候用的HSI，stop 用的LSI，两个时钟是异步的，导致时间过长，
                                            他需要和原厂确认。
  二、1、整体代码如下
            int main（void）
            {
                 //系统初始化
                 SysInit();
                //大循环
                 while(1)
                {
                    //判断唤醒源执行操作
                     while(WakeSource)
                     {
                              if(WakeSource==1)
                              {
                              }
                              else if(WakeSource==0)
                              {
                               }

                      }
                     STOP();//进入休眠
                 }
                 return 0;
            }
        2 、独立看门狗程序如下
             stop模式：LPWDGIint(void)
                            {
                              RCC->CSR |=RCC_CSR_LSION;
                              while((RCC->CSR RCC_CSR_LSIRDY)==0);
                              IWDG->KR = KR_KEY_ENABLE;
                              IWDG->KR = KR_KEY_EWA;
                              IWDG->PR = IWDG_PRESCALER_256;
                              IWDG->RLR = 4094;
                               while(IWDG->SR);
                              IWDG->KR = KR_KEY_RELOAD;        
                            }
                           时间都是耗在了  while(IWDG->SR);这句话上。
                           run模式之前修改只是修改了时间，其他和以上完全一样。


   不知道各位有什么建议或者对该问题的看法。