重新上电，相同的信号捕捉输入的值不同是为什么？

可能是程序中一些值的初始化不对，或是捕获的设置不行吧。
可以使用示波器看一下输入的波形是不是真的不变呢。
仿真一下，看看数据变化的地方在哪里，进中断里看看。标志位是不是没有清之类的