上位机和下位机串口通信时怎么确认对方是否接收到数据呢？

这可办哪，接收方收数据后返回一个确认代码就行了，至于什么表示确认代码，自己确定一个就好了，例如返回“OK”，或回车符0x0D。
对于发送方，发完数据，就等待对方返回确认代码，如果收到，说明对方已经收到数据，如果没收到确认码，就重新发一次，不过，这种情况极少，除非两者连接线有问题。至等待时间，可以根据波特率和发送的数据长度估算一下。