请问一下脉冲经过光耦HCPL2631之后变成谐波是怎么回事？

不是变成了谐波！
脉冲本身含有大量的高次谐波，经过光耦后，由于光耦带宽有限，频率很高的高次谐波倍抑制，波形变形了，可以采用高速的施密特触发器对光耦输出进行整形重新得到较标准的脉冲信号。
电容具有抑制高频信号的作用，使用电容只会加剧这种影响。