怎样配置pcie x4接口与底板FPGA进行数据传输呢

LS1046A核心板中，对外引出的P21（mini PCIE），PCIE X1接口P2，P23,。我现在打算只用一个msata接口接硬盘。
问题：现在还需要配置一个pcie x4的接口，用于与自研的底板（FPGA）数据传输。请问是否有这种配置模式？谢谢