有没有应用IC或电路能够改变GTX的输出共模电压？

这提出的问题多于答案。
你可以在virtex 6上运行gtx来生成特殊模式，还是始终打开编码/填充？
你如何测试你的系统如你所说的那样工作？
如果你有串联电容器，那么有效的直流电压将在信号的平均直流电压上移动， 
这就是为什么使用4：5编码之类的东西去除DC的一个原因。
想到的替代品， 
您可以使用差分放大器，它具有共模输入/输出控制引脚， 
ADI做了一些，但我不认为他们会提高你所需要的速度。 
你可以使用三个电阻， 
上拉电压，下拉电压和分压器， 
如果你可以让电容足够下降， 
在这里看一下LVPECL到LVDS电路
http://www.interfacebus.com/Design_Translation.html
我必须问，你想做什么，听起来很有吸引力......