QuartusII软件使用中遇到的问题

近期做了一个数据采集传输模块，用QuartusII编程设计的，采用FT245RL芯片进行USB通信。最近遇到一个问题，程序下载进PCB板以后多次出现无法识别USB口的问题。而且对同一个程序，哪怕修改其中一个数字再改回去并保存编译，结果也多次导致无法识别USB口。怎么会同样的程序编译出的结果一个能识别，一个不能识别呢？什么因素会造成这种情况？有大神能解释下吗，万分感谢。