请问CCSV5里面的clock是不是不够精确？程序执行时间误差应该怎么办？

CCSV5里面的 clock是不是不够精确？我编了一个程序：
for(frequency=1000;frequency<100000;frequency++)   .................1
[   Calculate_Control_Word(frequency);                          ...................2
if(frequency==99999)                                      ..................3
[frequency=1000;]
]
我编译完下载到28335的RAM中去后，enable 了clock。发现 ：
从程序1到程序2，要12个机器周期；
从程序2到程序3，要279个机器周期；
从程序3到程序1，要7个机器周期。
后来在这段程序没有变的情况下，又把.out文件重新下载到RAM中，发现
从程序1到程序2，要20个机器周期；
从程序2到程序3，要282个机器周期；
从程序3到程序1，要1200个机器周期。
请问这是怎么回事?这也相差太大了。每次重新加载后，有时正常，有时不正常。
个人觉得受到计算机内存指令调用方面的影响，运用timer，CCS程序里的CLOCK方式都不准确吧？
唯独GPIO口输出切换程序是在DSP
内部执行，不牵涉到计算机内存环境改变的问题，应该最准确，但是不是很方便。
因为我观察EPWM的couter计数时也发现
同样一个程序，每次执行完后，EPwm1Regs.TBCTR中变化的值是不一样的。

用程序把timer里的值或EPWM里面couter的值显示出来，和用CCS里View的方式显示出来都应该一样。只要经过计算机读出来
显示在CCS里面，就可能会不准确。最起码会出现不能保证每次加载后查看的机器数不尽相同。

希望指正！