PCB制版层叠结构与设计不符的后果

因为自己在给厂家制版时，报错了GND与POWER的位置，不知道对电路有什么影响。
现在FPGA烧写不进去程序，换了三块都不行，请诸位大佬指导一下，是否是这个原因导致的？