高通量测序的应用

2017-9-14 13:23:43 2164

0 `　　高通量测序可以帮助研究者跨过文库构建这一实验步骤，避免了亚克隆过程中引入的偏差。依靠后期强大的生物信息学分析能力，对照一个参比基因组(reference genome)高通量测序技术可以非常轻松完成基因组重测序(re-sequence)，2007年van Orsouw等人结合改进的AFLP 技术和454 测序技术对玉米基因组进行了重测序，该重测序实验发现的超过75%的SNP 位点能够用SNPWave技术验证，提供了一条对复杂基因组特别是含有高度重复序列的植物基因组进行多态性分析的技术路线。2008年Hillier 对线虫CB4858 品系进行Solexa 重测序，寻找线虫基因组中的SNP 位点和单位点的缺失或扩增。但是也应该看到，由于高通量测序读取长度的限制，使其在对未知基因组进行从头测序(novo sequencing) 的应用受到限制，这部分工作仍然需要传统测序(读取长度达到850 碱基) 的协助。但是这并不影响高通量测序技术在全基因组mRNA 表达谱，microRNA 表达谱，ChIP-chip 以及DNA 甲基化等方面的应用。 [/url] 　　2008年Mortazavi 等人对小鼠的大脑、肝脏和骨骼肌进行了RNA 深度测序，这项工作展示了深度测序在转录组研究上的两大进展，表达计数和序列分析。对测得的每条序列进行计数获得每个特定转录本的表达量，是一种数码化的表达谱检测，能检测到丰度非常低的转录本。分析测得的序列，有大于90%的数据显示落在已知的外显子中，而那些在已知序列之外的信息通过数据分析展示的是从未被报道过的RNA 剪切形式，3’端非翻译区，变动的启动子区域以及潜在的小RNA 前体，发现至少有3500个基因拥有不止一种剪切形式。而这些信息无论使用芯片技术还是SAGE 文库测序都是无法被发现的。　　高通量测序另一个被广泛应用的领域是小分子RNA 或非编码RNA(ncRNA)研究。测序方法能轻易的解决芯片技术在检测小分子时遇到的技术难题(短序列，高度同源) ，而且小分子RNA 的短序列正好配合了高通量测序的长度，使得数据“不浪费”，同时测序方法还能在实验中发现新的小分子RNA 。在衣藻、斑马鱼、果蝇、线虫、人和黑猩猩中都已经成功地找到了新的　　小分子RNA 。在线虫中获得了40 万个序列，通过分析发现了18个新的小RNA 分子和一类全新的小分子RNA 。在DNA—蛋白质相互作用的研究上，染色质免疫沉淀—深度测序(ChIP-seq)实验也展示了其非常大的潜力。染色质免疫沉淀以后的DNA 直接进行测序，对比ref seq 可以直接获得蛋白与DNA 结合的位点信息，相比ChIP-chip ，ChIP-seq 可以检测更小的结合区段、未知的结合位点、结合位点内的突变情况和蛋白亲合力较低的区段。　　金唯智是专注于基因组研究和基因技术应用的生物技术公司，提供高通量测序、基因编辑、Sanger测序、基因合成、引物合成、分子生物学服务及GLP标准规范服务。立足于生命科学领域，已成为全球诸多知名跨国公司以及著名高等学府的战略合作伙伴和首选供应商! 　　高通量测序：[url]https://www.genewiz.com.cn/Public/Services/Next-Generation-Sequencing 版权与免责声明：对本文以及其中全部或者部分内容、文字的真实性、完整性、及时性本人不作任何保证或承诺，请读者仅作参考，并请自行核实相关内容。如涉及作品内容、版权等问题，请在作品发表之日起一周内与管理员联系，否则视为放弃相关权利。 ` 0 本帖子中包含更多资源您需要登录才可以下载或查看，没有帐号？注册 x
2017-9-14 13:23:43　　评论淘帖0 举报相关推荐 • 高通量测序技术及其应用 15549 • 高通量测序技术及原理介绍 11714 • 高通量测序技术及原理介绍 82903 • 高通量测序面临的5大挑战 7880 • 高通量测序常用名词汇总 3857 • 高通量测序中的“失相”问题 3234 • 高通量基因测序是什么_高通量测序的意义 39869 • 高通量测序生物信息学分析 16100 • 高通量测序数据分析：RNA-seq 精选资料分享 1132 • 国内首家“高通量测序技术创新应用示范中心”揭牌 1981